چگونه می توان آغازگرهای مناسب را برای سنجش PCR پزشکی حیوانات انتخاب کرد؟
پیام بگذارید
به عنوان یک ارائه دهنده قابل اعتمادروش PCR پزشکی حیوانی، من نقش مهمی را که آغازگرها در دقت و کارآیی واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) در زمینه طب حیوانی ایفا می کنند ، می فهمم. PCR یک تکنیک قدرتمند است که به طور گسترده در آن استفاده می شودآزمایش آزمایشگاه حیواناتبرای اهداف مختلف ، مانند تشخیص پاتوژن ، تجزیه و تحلیل ژنتیکی و تشخیص بیماری. انتخاب آغازگرهای مناسب یک گام اساسی است که می تواند بر موفقیت یک روش PCR تأثیر بگذارد. در این وبلاگ ، برخی از ملاحظات و دستورالعمل های کلیدی را برای کمک به شما در انتخاب آغازگرهای مناسب برای نیازهای PCR پزشکی حیوانات خود به اشتراک می گذارم.
درک اصول اولیه آغازگرها
آغازگرها توالی DNA کوتاه و تک رشته ای هستند که مکمل مناطق خاص DNA هدف هستند. آنها برای شروع فرآیند PCR با ارائه یک نقطه شروع برای DNA پلیمراز برای سنتز رشته های جدید DNA ضروری هستند. در یک روش PCR پزشکی حیوانی ، آغازگرها باید با دقت طراحی شوند تا بطور خاص به توالی DNA هدف متصل شوند ، که می تواند یک ژن از یک پاتوژن یا نشانگر ژنتیکی میزبان باشد.
ویژگی
یکی از مهمترین ویژگی های یک آغازگر خوب ، ویژگی آن است. آغازگرهای خاص فقط به توالی DNA هدف وصل می شوند و به توالی های غیر هدف نیستند. در PCR پزشکی حیوانات ، جایی که ممکن است با نمونه های بیولوژیکی پیچیده ای که حاوی ترکیبی از DNA از منابع مختلف است ، سر و کار داشته باشید ، اتصال غیر خاص می تواند منجر به نتایج مثبت شود. به عنوان مثال ، اگر در یک نمونه حیوانات در حال آزمایش ویروس خاص هستید ، آغازگرهای غیر خاص ممکن است به توالی های مشابه در DNA حیوان میزبان یا سایر آلاینده ها متصل شوند و در نتیجه تشخیص نادرست ایجاد شود.
برای اطمینان از ویژگی ، طراحی آغازگرها که دنباله ای منحصر به فرد در ژنوم هدف دارند بسیار مهم است. از ابزارهای بیوانفورماتیک می توان برای جستجوی کل ژنوم ارگانیسم هدف و هر ارگانیسم های غیر هدف بالقوه برای بررسی واکنش متقابل احتمالی استفاده کرد. این ابزارها می توانند مناطقی از DNA هدف را که از سایر توالی های شناخته شده DNA متمایز هستند ، شناسایی کنند و به شما امکان می دهند آغازگرهای بسیار خاصی را طراحی کنید.
حساسیت
حساسیت یکی دیگر از عوامل اصلی است. آغازگرهای حساس می توانند سطح پایین DNA هدف را در یک نمونه تشخیص دهند. در طب حیوانی ، این امر به ویژه در برخورد با عفونت های مرحله اولیه یا هنگامی که بار پاتوژن کم است ، بسیار مهم است. یک آغازگر با حساسیت بالا می تواند احتمال تشخیص DNA هدف را حتی در نمونه هایی با تعداد کمی از نسخه های هدف افزایش دهد.
دمای ذوب (TM) آغازگرها یک پارامتر مهم است که بر حساسیت تأثیر می گذارد. TM دما است که در آن نیمی از دوپلکس های DNA هدف از آغازگر دناتوره می شوند. آغازگرها با مقادیر TM مشابه (معمولاً در دمای 2 - 5 درجه سانتیگراد از یکدیگر) در طی فرآیند PCR ، آن را از آن استفاده می کنند که به نوبه خود حساسیت سنجش را افزایش می دهد. طول آغازگرها نیز در حساسیت نقش دارد. به طور کلی ، آغازگرهای بین 18 تا 24 نوکلئوتید بهینه هستند ، زیرا تعادل خوبی بین ویژگی و حساسیت ایجاد می کنند.
ملاحظات طراحی آغازگر برای برنامه های مختلف
تشخیص بیماری زایی
هنگام طراحی آغازگرها برای تشخیص پاتوژن در نمونه های حیوانات ، هدف قرار دادن مناطق محافظت شده ژنوم پاتوژن مهم است. مناطق حفاظت شده توالی هایی هستند که با گذشت زمان زیاد تغییر نمی کنند و در بین سویه های مختلف پاتوژن رایج هستند. به عنوان مثال ، در مورد تشخیص یک باکتری ، هدف قرار دادن مناطق محافظت شده از ژن 16S rRNA می تواند یک رویکرد خوب باشد زیرا این ژن در تمام باکتری ها وجود دارد و هم مناطق حفاظت شده و هم متغیر دارد.
علاوه بر این ، اگر پاتوژن انواع یا زیرگروه های مختلفی داشته باشد ، ممکن است طراحی آغازگرهای انحطاط لازم باشد. آغازگرهای انحطاط ترکیبی از آغازگرها هستند که تعداد کمی از موقعیت های متغیر در دنباله خود دارند. این آغازگرها می توانند انواع مختلفی از دنباله هدف را تشخیص دهند و امکان تشخیص سویه های مختلف پاتوژن را در یک روش PCR واحد فراهم می کنند.
تجزیه و تحلیل ژنتیکی
برای تجزیه و تحلیل ژنتیکی در حیوانات ، مانند آزمایش اختلالات ژنتیکی یا نشانگرهای خاص نژاد ، آغازگرها باید برای هدف قرار دادن مکان ژنتیکی خاص مورد علاقه طراحی شوند. این ممکن است شامل طراحی آغازگرهایی باشد که یک اگزون خاص یا اینترون را در یک ژن قرار می دهند. در بعضی موارد ، ممکن است شما نیاز به طراحی آغازگرهایی داشته باشید که می توانند مناطق میکرو ماهواره ای را تقویت کنند ، که تکرارهای پشت سر هم هستند که بسیار چند شکل هستند و می توانند برای نقشه برداری ژنتیکی و شناسایی فردی استفاده شوند.
ارزیابی کیفیت آغازگر
سازگاری جفت آغازگر
ارزیابی سازگاری جفت های آغازگر ضروری است. دیمرهای آغازگر یک مشکل شایع در PCR است. دیمرهای پرایمر هنگامی شکل می گیرند که آغازگرها به جای DNA هدف ، به یکدیگر بپردازند و در نتیجه تقویت محصولات غیر خاص ایجاد می شود. برای جلوگیری از دیمرهای آغازگر ، آغازگرها باید به گونه ای طراحی شوند که در انتهای 3 'خود مکمل حداقل داشته باشند. شما می توانید از ابزارهای نرم افزاری برای بررسی تشکیل پرایمر بالقوه - دیمر قبل از سنتز آغازگرها استفاده کنید.
ساختارهای ثانویه
آغازگرها می توانند ساختارهای ثانویه مانند موهای زائد یا حلقه های خود آنیلایینگ را تشکیل دهند که می توانند در فرآیند PCR تداخل داشته باشند. موهای زائد سازه های جفتی درون مولکولی در یک آغازگر هستند و حلقه های آنیلایی که هنگامی که یک آغازگر به خودش متصل می شود رخ می دهد. این ساختارهای ثانویه می توانند مانع از اتصال آغازگرها به DNA هدف و کاهش بازده واکنش PCR شوند. ابزارهای بیوانفورماتیک می توانند شکل گیری چنین ساختارهای ثانویه را پیش بینی کنند و آغازگرها را می توان دوباره طراحی کرد تا از آنها جلوگیری شود.
منابع آغازگرها
به عنوان یک قابل اعتمادروش PCR پزشکی حیوانیتأمین کننده ، ما آغازگرهای با کیفیت بالا را ارائه می دهیم که به طور خاص برای کاربردهای مختلف پزشکی حیوانات طراحی شده اند. آغازگرهای ما با استفاده از فن آوری های پیشرفته سنتز می شوند و به طور دقیق برای ویژگی ، حساسیت و کیفیت آزمایش می شوند. ما تیمی از متخصصان داریم که می توانند در انتخاب مناسب ترین آغازگرها برای نیازهای خاص خود به شما کمک کنند. آیا شما در حال انجام تحقیق هستیدآزمایش آزمایشگاه حیواناتتسهیلات یا انجام آزمایشات تشخیصی در یک کلینیک دامپزشکی ، آغازگرهای ما می توانند نتایج دقیق و قابل اعتماد ارائه دهند.
پایان
انتخاب آغازگرهای مناسب برای یک روش PCR پزشکی حیوانات یک فرایند پیچیده اما اساسی است. با در نظر گرفتن عواملی مانند ویژگی ، حساسیت و طراحی آغازگر برای برنامه های خاص ، می توانید آغازگرهایی را انتخاب کنید که نتایج دقیق و قابل اعتماد را ارائه می دهند. در شرکت ما ، ما متعهد به ارائه آغازگرهای با کیفیت بالا و پشتیبانی جامع برای کلیه نیازهای PCR پزشکی حیوانات شما هستیم. اگر علاقه مند به خرید آغازگرها برای خود هستیدآزمایش آزمایشگاه حیواناتیا سایر برنامه های پزشکی حیوانات ، لطفاً برای بحث در مورد نیازهای خود با ما تماس بگیرید و مشارکت تجاری مثمر ثمر را آغاز کنید.
منابع
- Dieffenbach ، CW ، & Dveksler ، GS (1995). PCR Primer: یک کتابچه راهنمای آزمایشگاهی. مطبوعات آزمایشگاه بندر بهار سرد.
- Kwok ، S. ، & Higuchi ، R. (1989). جلوگیری از مثبت کاذب با PCR. طبیعت ، 339 (6221) ، 237 - 238.
- Sambrook ، J. ، & Russell ، DW (2001). کلونینگ مولکولی: یک دفترچه آزمایشگاهی. مطبوعات آزمایشگاه بندر بهار سرد.
